1．(1)项目法人的招标不妥，具体表现为项目初步设计概算尚未通过审批即展开招标。 (2)理由：《招标投标法》第9条规定，招标项目按照国家有关规定需要履行项目审批手续的，应当先履行审批手续，取得批准。根据《工程建设项目施工招标投标办法》的规定，本项目为依法必须进行招标的项目，应当在初步设计及概算经批准后方可展开招标。
2．(1)招标人有权主张合同无效。
(2)理由：《合同法》第52条规定，存在以下规定内容之一的合同无效：
①一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益；
②恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益；
③以合法形式掩盖非法目的；
④损害社会公共利益；
⑤违反法律、行政法规的强制性规定。
根据《合同法》第273条，国家重大建设工程合同，应当按照国家规定的程序和国家批准的投资计划、可行性研究报告等文件订立。
本项目总承包合同签订时尚未取得批准文件，缺乏签订合同的前提条件，违反了法律的强制性规定，应属无效合同，故招标人有权主张合同无效。
3．(1)A地仲裁委员会应当受理。
(2)理由：《仲裁法司法解释》第7条规定，当事人约定争议可以向仲裁机构申请仲裁也可以向人民法院起诉的，仲裁协议无效。但一方向仲裁机构申请仲裁，另一方未在《仲裁法》第20条第2款规定期间内提出异议的除外。据此，本案中的仲裁协议并不当然无效，但无论仲裁协议是否确定无效，若承包人向A地仲裁委员会申请仲裁，仲裁委员会都应当受理。承包人向A地仲裁委员会申请仲裁后，如果招标人没有在仲裁庭首次开庭前提出对仲裁协议的效力的异议，则仲裁协议有效，A地仲裁委员会有权继续进行裁决。
4．(1)承包人决定向法院起诉，应由A地人民法院管辖。
(2)理由：根据《合同法》规定，合同无效的，不影响独立存在的争议解决条款的效力。本案例中，合同的争议解决条款依然生效。但《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释》第28条规定，建设工程施工合同纠纷根据不动产纠纷确定管辖。该规定将工程施工合同纠纷纳入专属管辖的范围，由工程所在地法院管辖。专属管辖的规定属于法律的强制性规定，当事人不得通过约定加以排除。合同双方约定的管辖法院为原告所在地人民法院，即承包人所在地人民法院。如果承包人所在地不是A地，则约定的管辖法院违反了专属管辖的规定，约定无效，应由A地人民法院管辖。如果承包人所在地是A地，则约定的管辖法院有效，此时承包人所在地法院有管辖权。综上，最后有管辖权的法院一定是工程所在地即A地人民法院，合同约定的管辖法院不得与法律的强制性规定相抵触。
